Sok a félreértés az ökológiai növényvédelemmel kapcsolatban. Gyakran találkozni az ökotermékek iránti bizalmatlansággal is a piacon, melyeknek egy része félreértésekből ered.

• „Ökológiai termék az, amit éjszaka permeteznek”
  Az ökológiai gazdálkodási gyakorlatban valóban előfordulhat, hogy éjszaka permetezünk, ám ez nem tiltott szerhasználat, hanem beporzóvédelmi okokra és a növény perzselődéstől való védelmére vezethetők vissza.
• „A kukacos alma bio, mert azt biztosan nem permetezték”
  Ez a hibás képzettársítás azt üzeni, hogy az ökológiai termesztésből származó termék rosszabb minőségűek. Ennek azonban általában pont az ellenkezője igaz. Valójában az ökológiai gazdálkodás célja az egészségesebb, ízletesebb és környezetkímélőbb termékek előállítása, amelyek gyakran magasabb beltartalmi értékkel is bírnak.
• „Csak rá van írva, hogy bio, de lehet, hogy nem is az!”
  Bio tanúsítvánnyal ellátott terméket, csak minősített gazdaság állíthat elő. A minősítés feltételei között szerepel a teljes nyomonkövethetőség, évente több alkalommal történő ellenőrzések, szúrópróba szerű mintavételezések, azok laboratóriumi bevizsgálása, valamint az anyagmozgások teljes dokumentációja. Amelyik tétel nem felel meg a szigorú előírásoknak, azt a tanúsításból kizárják.